硬件平台：2006年医院优先规划建设科研楼，同时改、扩建动物实验中心，科研楼建筑面积大至2700平方米，动物实验中心建筑面积超过300平方米。进一步完善了科研创新平台。医院在同济大学坚强领导与有力支撑下，于2011年成立干细胞与再生医学国际联合研究中心，该中心于2013年获批国家级国际联合研究中心和国家国际科技合作基地；2018年获批建设有脊柱脊髓损伤再生修复教育部重点实验室。历年获批建设还有同济大学脏器康复研究所、同济大学消化疾病研究所、同济大学心身疾病与心里治疗临床研究中心，同济大学医学院足踝外科临床诊治中心。